둘 다 어떠한 생리적 작용을 나타낸다고 하는 점에서 똑같습니다. 화학물질로써 본 경우 의약품과 농약에 본질적인 차이는 없지만, 의약품이 기본적으로 인체라고 하는 닫힌 환경에 사용되는 것에 반해 농약은 농경지 등 개방된 곳에 사용된다는 점, 또 의약품이 인간의 생명이라는 둘도 없는 것을 대상으로 하고 있다는 점 등 몇 가지 차이가 있습니다.
예를 들면, 의약품은 사람의 생명을 지키기 위해 사용되기 때문에 그 효력이 가장 중시되며 가격이 우선되는 경우는 없습니다. 농약은 농업생산을 위해 사용되기 때문에 경제성을 도외시할 수 없어서 아무리 효과가 있어도 너무 고가이거나 사용방법이 상당히 불편하면 상품으로서 시장에 내 놓을 수 없습니다.
농약은 대상으로 하는 유해생물에 대한 효과가 강하면 강할수록 바람직하지만, 한편으로는 개방된 곳에서 사용하므로 사람이나 재배 농작물 등 유해생물 이외의 생물과 하천, 토양 등 환경에 대한 영향이 적을수록 바람직한 것이 됩니다. 이에 반해 의약품도 효력이 중요한 것은 마찬가지이지만 생명유지라는 궁극적인 목적을 위해서는 부작용은 상당한 정도까지 허용되는 경우가 있습니다. 예를 들면, 강력한 항암제에는 탈모, 간장의 기능저하 등의 커다란 부작용이 있습니다. 에이즈 치료약에도 강한 부작용이 있습니다. 이것은 사용자가 훈련을 쌓은 의사에 의한 사용이 전제되어 있는 점, 인체라는 폐쇄계에서 사용되는 점 등에서 허용되는 것으로서 농약보다 안전성이 높기 때문에 라는 이유는 아닙니다.
역사적으로는 19세기 후반에 합성염료가 발명되고, 합성염료의 나누어 염색하는 현상의 연구로부터 20세기 초두에 합성의약품이 발명되고, 20세기 중반에 신경약인 스크리닝의 실험데이터를 힌트로 하여 화학농약이 발명되었다고 하는, 친자손의 관계에 있습니다.
사실, 농약을 제조하고 있는 세계 메이커의 대부분이 일반 화학품과 의약품도 제조하고 있는 것으로 보아 알 수 있듯이 염료, 의약품, 농약은 같은 원료를 사용하며 비슷한 공장의 비슷한 공정으로, 비슷한 기술로 만들어져 화학구조도 상당히 닮은 것이 적지 않습니다.